问：实行综合工时制的员工超时工作，企业要付加班费吗？
答：
是的。如果企业实行综合计算工时工作制，在综合计算周期内，劳动者的实际工作时间总数超过该周期的法定标准工作时间总数，超过部分应视为延长工作时间。
综合计算工时工作制是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
在综合工时制下，对超过法定标准时间的部分，应该按照正常工作时间工资150%的标准支付工资报酬，其中法定休假日安排劳动者工作的，按不低于工资300%的标准支付工资报酬。而且，在综合计算周期内，延长工作时间的小时数平均每月不得超过36小时，否则属于违法安排劳动者加班的情形，劳动行政部门有权进行处理。
参考法规：
1．《劳动合同法》第31条、第38条、第46条、第47条；
2. 《劳动法》第44条；
3．《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释》第13条；
4. 《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第53条、第60条、第62条；
5. 《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第3条。
例：
某购物公司系具有独立法人资格的商业企业。经青岛市劳动和社会保障局审批实行综合计算工时工作制，以月为综合计算周期。2004年6月1日，薛某某到某购物公司从事电工工作，双方最后一次签订书面劳动合同的期限至2011年5月31日期满，双方在合同中明确约定执行综合计算工时工作制。
2010年9月29日，薛某某通过邮寄方式向某购物公司送达了“关于要求支付拖欠加班费及要求解除合同并支付补偿金、赔偿金的通知”，并于同年10月8日，作为申请人向青岛某区劳动争议仲裁委员会递交了仲裁申请书,请求裁决被申请人某购物公司支付2004年6月1日至2010年10月8日期间的加班费129,360.40元以及拒不支付加班费25%的经济补偿金；依法裁定申请人与被申请人解除劳动合同，并支付申请人解除合同的经济补偿金16,660元。
青岛某区劳动争议仲裁委员会认为：
1.被申请人执行以月为计算周期的综合计算工时工作制，在计算周期内被申请人安排申请人在法定节假日以及超出标准工作时间工作应当足额支付加班工资，申请人要求被申请人支付2009年10月8日后的加班工资的请求，予以支持，此前的加班工资，因超过法定仲裁时效，不予认定。
2.因被申请人没有足额支付劳动报酬，申请人要求解除与被申请人之间劳动合同，并要求被申请人支付解除劳动合同经济补偿金的仲裁请求，依法予以支持。
3.因无证据证明被申请人系无故拖欠申请人加班工资，故申请人要求被申请人支付拖欠工资25%的经济补偿金的仲裁请求，缺乏依据，不予支持。
在青岛某区仲裁委裁决后，薛某某、某购物公司对该仲裁裁决结果均不服，诉至法院。
原审法院结合薛某某所从事的岗位特点，经质证的证据及有关法律规定，作如下分析判定：
1.虽然某购物公司实行综合计算工时工作制，但其每月安排薛某某工作的时间也不应超出法定工作时间。经过测算，2008年10月8日至2010年10月8日期间，薛某某共超过法定工作时间工作176小时。某购物公司应当向薛某某支付上述延长工作时间的加班费3,183.91元。
2.某购物公司自认薛某某工资单中显示的加班费系以薛某某基本工资作为计算基数支付给薛某某的法定节假日加班费。某购物公司没有依法按照薛某某上月工资减去加班费后所得数额作为计算当月法定节假日加班费的基数，导致发放给薛某某的法定节假日加班费不足，差额部分应向薛某某补足，共计3,135.04元。
3．薛某某因某购物公司拖欠加班费而于2010年9月29日向某购物公司发出解除劳动合同的通知，并在同年10月8日申请仲裁时提出解除劳动合同的仲裁请求，某购物公司在收到载有解除双方之间的劳动合同等裁决主文的仲裁裁决书后却以薛某某自动离职为由解除了其与薛某某之间的劳动合同。考虑到某购物公司已实际缴纳社会保险至2010年11月30日，薛某某在庭审中明确其要求解除劳动合同的日期